与人类生存一样， 德国牧羊犬的生活中也面临各种疾病的威胁。例如，气温骤然变化时，容易导致德牧犬感冒，夏季时德牧犬容易中暑，此外犬瘟、细小等各种传染疾病也是常见的危害德牧性命安全的疾病。 生活中，危害德国牧羊犬健康的疾病非常多。例如，肠胃炎、皮肤病、呼吸道疾病、骨折、耳螨、口腔疾病、白内障、传染性肝炎、犬冠状病毒感染和、犬腺病毒Ⅱ型感染等等。这些不同的疾病其临床表现不一样，而且对德国牧羊犬造成的危害也不一样。
德国牧羊犬瘟热
发病初期：可用大剂量的犬瘟热高免血清注射，可控制本病的发展。
对症治疗：用补糖、补液、退热，防止继发感染，加强饲养管理等方法，对本病有一定的治疗作用。
犬细小病毒病
初期：应用犬细小病毒高免血清治疗。
对症治疗：补液疗法，用等渗的葡萄糖盐水加入5%碳酸氢钠注射液给予静脉注射。可根据脱水的程度决定补液量的多少，消炎、止血、止吐、庆大霉素1万单位/千克体重，地塞米松0.5毫克/千克体重混合肌肉注射，或卡那霉素5万单位/千克体重加塞米松混合肌肉注射。维生素K11毫克/千克体重，Vk30.4毫克/千克体重，混合肌注。胃复安2毫克/千克体重。
狂犬病
狂犬病又称疯德国牧羊犬病、恐水症。
是由狂犬病病毒引起的一种人和所有温血动物（人、犬、猫等）的一种直接接触性传染病。
人一但被含有狂犬病病毒的犬咬伤，死亡率是百分之百。所以做为宠物的犬一定要注意狂犬病的免疫。患有狂犬病病犬的临床表现极度兴奋、狂燥、流涎和意识丧失，最终全身麻痹死亡。
本病的潜伏期长短不一，一般为15天，长者可达数月或上年以上，潜期的长短和感染的毒力、部位有关。
犬细小病毒病
犬细小病毒病又称犬传染性胃肠炎，是由犬细小病毒感染引起的急性传染病。以出血性肠炎和非化脓性心肌炎为主要特征，侵害各种年龄的犬，以幼犬发病率高。有时感染率可高达100%，致死率为60%左右。如能及时治疗，治愈率可达90%。